Vijeće Fakulteta je stručni organ koji djeluje u širem sastavu (u daljem tekstu: Vijeće u širem sastavu) i u užem sastavu (u daljem tekstu: Vijeće Fakulteta ), koje radi na delegatskom principu. Vijeće u širem sastavu čine nastavnici i saradnici u radnom odnosu sa punim radnim vremenom na Univerzitetu u Istočnom Sarajevu, kao i nastavnici kliničkih grana iz naučnih oblasti medicine i zdravstva sa nepunim radnim vremenom koji su u radnom odnosu sa punim radnim vremenom zaposleni u zdravstvenoj ustanovi koja je nastavna baza Univerziteta/Fakulteta, koji izvode nastavu na studijskim programima na Medicinskom fakultetu, te predstavnici studenata svih ciklusa studija izabranih u skladu sa ovim Statutom, s tim da zastupljenost studenata ne može biti manja od 15% od ukupnog broja članova Vijeća Fakulteta. Vijeće u širem sastavu donosi prijedlog odluke o izboru ili razrješenju dekana Fakulteta i razmatra statusna pitanja Fakulteta, a sva ostala pitanja iz nadležnosti Nastavno – naučnog vijeća razmatra Vijeće Fakulteta.
Vijeće Fakulteta u užem sastavu čine predstavnici katedri, odnosno po dva predstavnika svake katedre, po pravilu u najvišim zvanjima, koje delegira/imenuje katedra, dekan i prodekani kao i predstavnici studenata, s tim što zastupljenost studenata u Vijeću ne može biti manja od 15% od ukupnog broja članova delegatskog Vijeća. Odluka o imenovanju članova Vijeća, sa sjednice Katedre, dostavlja se dekanu Fakulteta. Mandat članova Vijeća u užem sastavu traje 4 godine, odnosno do isteka mandata dekanu Fakulteta, osim predstavnika studenata čiji mandat traje jednu akademsku godinu. Vijeće u širem sastavu i Vijeće Fakulteta donose odluke iz svoje nadležnosti većinom glasova ukupnog broja članova vijeća, osim za odluke o izboru u zvanja. Za odluke Vijeća Fakulteta o izboru u zvanja potrebna je i većina od ukupnog broja nastavnika članova Vijeća fakulteta.
Izbor studenata u Vijeće Fakulteta vrši se na osnovu Internog oglasa koji raspisuje dekan Fakulteta. Internim oglasom se odredjuje dan održavanja izbora, broj kandidata koji se biraju i glasačko mjesto. Prijava na Interni oglas se vrši lično, pismenim putem na protokol Fakulteta uz obavezno prilaganje biografije i uvjerenja o statusu studenta. Pravo glasa imaju svi studenti Medicinskog fakulteta. Izbore provodi i organizuje Izborna Komisija koju imenuje dekan Fakulteta, a koja ima pet članova (tri predstavnika studenata i dva predstavnika Fakulteta). Izborna Komisija je obavezna rezultate održanih izbora objaviti u roku od 24 sata od zatvaranja glasačkih mjesta. Kandidatima koji su dobili najveći broj glasova članstvo u Vijeću Fakulteta se verifikuje na prvoj sjednici Vijeća nakon provedenih izbora. Mandat izabranim članovima traje jednu akademsku godinu. Prijavljeni kandidati koji nisu izbrani imaju pravo prigovora na objavljene rezultate u roku od 3 dana. Prigovor se podnosi Vijeću Fakulteta, a odluka Vijeća po prigovoru je konačna. Studente članove Vijeća u užem sastavu, između sebe delegiraju / biraju studenti koji su izabrani za članove Vijeća u širem sastavu
Svu tehničku pomoć oko organizacije i održavanja izbora obezbjeđuju odgovarajuće službe Fakulteta.