Misija Medicinskog fakulteta u Foči je posvećena postizanju najviših standarda u obrazovanju, istraživanju i zdravstvenoj njezi. Fakultet treba da bude vođa u poboljšanju zdravlja ljudi kroz obrazovanje vještih i društveno odgovornih doktora medicine i stomatologije, diplomiranih specijalnih edukatora i rehabilitatora i diplomiranih medicinara. Dugoročni ciljevi se odnose na očuvaće i diseminaciju znanja i kultivaciju kritičkih intelekata. Tolerancija i raznolikost su podržane, a globalna pitanja se istražuju i ohrabruju. Misija fakulteta pokriva i posebna područja nastavu, istraživanja, medicinke usluge i ulogu u društvu.
Obrazovanje visokostručnih kadrova iz oblasti medicine, specijalista za pojedine oblasti, pomoćnog medicinskog osoblja, te kadrova za specijalnu edukaciju i rehabilitaciju koji bi svojim znanjem pomogli promociji i širenju zdravstvene kulture, zdravstvene zaštite kao i modernizaciju Republike Srpske, Bosne i Hercegovine i čitavog regiona, u okviru naučne oblasti biomedicine.
Vizija Fakulteta je savremena obrazovna institucija u oblasti biomedicine i zdravstva koja je snažan, kvalitetan, pouzdan i kompetentan partner u školovanju kvalitetnih kadrova, koji su vrhunski osposobljeni da odgovore na sve izazove moderne medicine i specijalne edukacije i rehabilitacije.