Medicinski fakultet u Sarajevu je osnovan 1944. godine, kao prva visokoškolska ustanova u Bosni i Hercegovini (BiH), a kontinuitet rada je uspostavljen 1946. godine. Narodna skupština Republike Srpske 14.09.1992. godine donosi Odluku o izdvajanju visokoškolskih ustanova iz Univerziteta u Sarajevu. Ministarstvo obrazovanja, nauke i tehnologije Republike Srpske 15.10.1993. godine donosi Odluku o nastavku rada Medicinskog fakulteta u Sarajevu Republike Srpske, sa sjedištem u Srbinju/Foči. Odlukom Narodne skupštine Republike Srpske od 29.12.1993. godine osnovan je Univerzitet u Sarajevu Republike Srpske, kao sukcesor Univerziteta u Sarajevu. Tradiciju Medicinskog fakulteta iz perioda do 1993. godine u Republici Srpskoj nastavlja Medicinski fakultet Univerziteta u Sarajevu Republike Srpske, kasnije Univerziteta u Srpskom Sarajevu, danas Univerziteta u Istočnom Sarajevu sa sjedištem u Foči.
Redovna nastava na Medicinskom fakultetu u Foči počinje akademske 1993/94. godine, kada su upisani i prvi studenti u prvi ciklus studija u trajanju od šest godina.
Akademske 2000/01. godine na Medicinskom fakultetu su Odlukom Naučno-nastavnog vijeća organizovane postdiplomske magistarske studije „Osnovi biomedicinskih istraživanja“ i upisani prvi studenti drugog ciklusa studija.
Radi usklađivanja sa Zakonom o visokom obrazovanju 2007. godine Medicinski fakultet, kao pravni subjekt, briše se iz sudskog registra i nastavlja da funkcioniše kao organizaciona jedinica Univerziteta u Istočnom Sarajevu. Stomatološki fakultet Univerziteta, koji takođe iste godine prestaje sa radom kao pravni subjekt i nastavlja sa radom kao organizaciona jedinica Univerziteta, prelazi u studijski program na Medicinskom fakultetu na osnovu Zaključaka Kolegijuma rektorata od 11.09.2008. godine, Odlukom Upravnog odbora Univerziteta od 26.09.2008. godine i Protokola o preuzimanju lica i imovine od 26.11.2008.
Rješenjem Ministarstva prosvjete i kulture Republike Srpske 2007. godine (od 28.06.2007. godine i dopuna Rješenja od 27.02.2009. godine) Univerzitetu je dato odobrenje za izvođenje nastave na studijskim programima: Medicina, Stomatologija, Zdravstvena njega i Specijalna edukacija i rehabilitacija na Medicinskom fakultetu.
Akademske 2007/08. godine na Medicinskom fakultetu počinje se primjenjivati Novi nastavni plan i program u skladu sa Bolonjskom deklaracijom.
Posljednja generacija studenata na drugi ciklus studija na Medicinskom fakultetu je upisana akademske 2008/09. godine.
Rješenjem Ministarstva prosvjete i kulture Republike Srpske broj od 25.12.2012. godine utvrđeno je da Univerzitet ispunjava uslove za izvođenje drugog ciklusa studijskog programa Zdravstvena njega na Medicinskom fakultetu i od akademske 2013/14. godine su upisani prvi studenti. Na osnovu Rješenja Ministarstva prosvjete i kulture Republike Srpske od 28.8.2013. godine, od akademske 2013/14. godine organizovana je nastava na drugom ciklusu studija studijskog programa Specijalna edukacija i rehabilitacija na Medicinskom fakultetu.
Rješenjem Ministarstva prosvjete i kulture Republike Srpske od 07.11.2014. godine Univerzitetu je odobreno izvođenje studijskog programa „Biomedicinske nauke-180 ECTS“ na trećem ciklusu studija na Medicinskom fakultetu u trajanju od 3 godine i akademske 2015/16. godine su upisani prvi studenti.
Na Medicinskom fakultetu je 2015. godine osnovan naučno-istraživački Centar za biomedicinske nauke. Specijalistički centar za stomatologiju, podorganizaciona jedinica Medicinskog fakulteta, je osnovan 2016. godine.
Na Medicinskom fakultetu se organizuje specijalistička nastava za doktore medicine i doktore stomatologije.
Na Medicinskom fakultetu Foča, Univerziteta u Istočnom Sarajevu, nakon tri decenije velikog truda, zalaganja i posvećenosti, došlo je do značajne ekspanzije – od akademske 2020/21. godine počelo je izvođenje nastave na engleskom jeziku.
Medicinski fakultet Foča je prvi fakultet u Republici Srpskoj koji je odgovorio svjetskoj potrebi za fakultetom na kome bi studenti u isto vrijeme stekli znanje, usavršili svoj engleski jezik, i, isključujući velike troškove samog studiranja, izrasli u stručnjake koji će doprinijeti ekonomskom i socijalnom razvoju svojih zemalja, ali i Republike Srpske.
U akademskoj 2023/24. godini Medicinski fakultet Foča upisuje i prvu generaciju studenata na studijski program Stomatologija, koji se izvodi na engleskom jeziku.
U amfiteatrima, učionicama i laboratorijama Medicinskog fakulteta Foča za najhumaniji poziv sprema se 338 studenata sa 4 različita kontinenta, iz Italije, Grčke, Turske, Velike Britanije, Njemačke, SAD-a, Egipta, Indije i Bangladeša, Japana, Švajcarske, Francuske, Šri Lanke, Tunisa, Libije, Sirije, Nigerije, Ukrajine, Crne Gore, Srbije i Bosne i Hercegovine.
Na ovaj način, Medicinski fakultet Foča, jedan od najistaknutijih fakulteta Univerziteta u Istočnom Sarajevu, postaje daleko prepoznatljiv u cijelom regionu ali i širom svijeta – svake godine postižu se sve bolji rezultati kada je broj zainteresovanih i upisanih studenata u pitanju.
Foča postaje mjesto na kome se ukrštaju nade, težnje, želje i rad, trud, zalaganje; otvorivši vrata za studente koji dolaze sa četiri različite strane svijeta, Foča izrasta u jednu drugačiju – lokalnu-internacionalnu zajednicu, čiji stub razvoja, Medicinski fakultet Foča, sigurno i hrabro stvara bolju budućnost.