Вијеће Факултета је стручни орган који дјелује у ширем саставу (у даљем тексту: Вијеће у ширем саставу) и у ужем саставу (у даљем тексту: Вијеће Факултета ), које ради на делегатском принципу. Вијеће у ширем саставу чине наставници и сарадници у радном односу са пуним радним временом на Универзитету у Источном Сарајеву, као и наставници клиничких грана из научних области медицине и здравства са непуним радним временом који су у радном односу са пуним радним временом запослени у здравственој установи која је наставна база Универзитета/Факултета, који изводе наставу на студијским програмима на Медицинском факултету, те представници студената свих циклуса студија изабраних у складу са овим Статутом, с тим да заступљеност студената не може бити мања од 15% од укупног броја чланова Вијећа Факултета. Вијеће у ширем саставу доноси приједлог одлуке о избору или разрјешењу декана Факултета и разматра статусна питања Факултета, а сва остала питања из надлежности Наставно – научног вијећа разматра Вијеће Факултета.

Вијеће Факултета у ужем саставу чине представници катедри, односно по два представника сваке катедре, по правилу у највишим звањима, које делегира/именује катедра, декан и продекани као и представници студената, с тим што заступљеност студената у Вијећу не може бити мања од 15% од укупног броја чланова делегатског Вијећа. Одлука о именовању чланова Вијећа, са сједнице Катедре, доставља се декану Факултета. Мандат чланова Вијећа у ужем саставу траје 4 године, односно до истека мандата декану Факултета, осим представника студената чији мандат траје једну академску годину. Вијеће у ширем саставу и Вијеће Факултета доносе одлуке из своје надлежности већином гласова укупног броја чланова вијећа, осим за одлуке о избору у звања. За одлуке Вијећа Факултета о избору у звања потребна је и већина од укупног броја наставника чланова Вијећа факултета.

Избор студената у Вијеће Факултета врши се на основу Интерног огласа који расписује декан Факултета. Интерним огласом се одредјује дан одржавања избора, број кандидата који се бирају и гласачко мјесто. Пријава на Интерни оглас се врши лично, писменим путем на протокол Факултета уз обавезно прилагање биографије и увјерења о статусу студента. Право гласа имају сви студенти Медицинског факултета. Изборе проводи и организује Изборна Комисија коју именује декан Факултета, а која има пет чланова (три представника студената и два представника Факултета). Изборна Комисија је обавезна резултате одржаних избора објавити у року од 24 сата од затварања гласачких мјеста. Кандидатима који су добили највећи број гласова чланство у Вијећу Факултета се верификује на првој сједници Вијећа након проведених избора. Мандат изабраним члановима траје једну академску годину. Пријављени кандидати који нису избрани имају право приговора на објављене резултате у року од 3 дана. Приговор се подноси Вијећу Факултета, а одлука Вијећа по приговору је коначна. Студенте чланове Вијећа у ужем саставу, између себе делегирају / бирају студенти који су изабрани за чланове Вијећа у ширем саставу

Сву техничку помоћ око организације и одржавања избора обезбјеђују одговарајуће службе Факултета.