Медицински факултет у Сарајеву је основан 1944. године, као прва високошколска установа у Босни и Херцеговини (БиХ), а континуитет рада је успостављен 1946. године. Народна скупштина Републике Српске 14.09.1992. године доноси Одлуку о издвајању високошколских установа из Универзитета у Сарајеву. Министарство образовања, науке и технологије Републике Српске 15.10.1993. године доноси Одлуку о наставку рада Медицинског факултета у Сарајеву Републике Српске, са сједиштем у Србињу/Фочи. Одлуком Народне скупштине Републике Српске од 29.12.1993. године основан је Универзитет у Сарајеву Републике Српске, као сукцесор Универзитета у Сарајеву. Традицију Медицинског факултета из периода до 1993. године у Републици Српској наставља Медицински факултет Универзитета у Сарајеву Републике Српске, касније Универзитета у Српском Сарајеву, данас Универзитета у Источном Сарајеву са сједиштем у Фочи.
Редовна настава на Медицинском факултету у Фочи почиње академске 1993/94. године, када су уписани и први студенти у први циклус студија у трајању од шест година.
Академске 2000/01. године на Медицинском факултету су Одлуком Научно-наставног вијећа организоване постдипломске магистарске студије „Основи биомедицинских истраживања“ и уписани први студенти другог циклуса студија.
Ради усклађивања са Законом о високом образовању 2007. године Медицински факултет, као правни субјект, брише се из судског регистра и наставља да функционише као организациона јединица Универзитета у Источном Сарајеву. Стоматолошки факултет Универзитета, који такође исте године престаје са радом као правни субјект и наставља са радом као организациона јединица Универзитета, прелази у студијски програм на Медицинском факултету на основу Закључака Колегијума ректората од 11.09.2008. године, Одлуком Управног одбора Универзитета oд 26.09.2008. године и Протокола о преузимању лица и имовине од 26.11.2008.
Рјешењем Министарства просвјете и културе Републике Српске 2007. године (од 28.06.2007. године и допуна Рјешења од 27.02.2009. године) Универзитету је дато одобрење за извођење наставе на студијским програмима: Медицина, Стоматологија, Здравствена њега и Специјална едукација и рехабилитација на Медицинском факултету.
Академске 2007/08. године на Медицинском факултету почиње се примјењивати Нови наставни план и програм у складу са Болоњском декларацијом.
Посљедња генерација студената на други циклус студија на Медицинском факултету је уписана академске 2008/09. године.
Рјешењем Министарства просвјете и културе Републике Српске број од 25.12.2012. године утврђено је да Универзитет испуњава услове за извођење другог циклуса студијског програма Здравствена њега на Медицинском факултету и од академске 2013/14. године су уписани први студенти. На основу Рјешења Министарства просвјете и културе Републике Српске од 28.8.2013. године, од академске 2013/14. године организована је настава на другом циклусу студија студијског програма Специјална едукација и рехабилитација на Медицинском факултету.
Рјешењем Министарства просвјете и културе Републике Српске од 07.11.2014. године Универзитету је одобрено извођење студијског програма „Биомедицинске науке-180 ЕCTS“ на трећем циклусу студија на Медицинском факултету у трајању од 3 године и академске 2015/16. године су уписани први студенти.
На Медицинском факултету је 2015. године основан научно-истраживачки Центар за биомедицинске науке. Специјалистички центар за стоматологију, подорганизациона јединица Медицинског факултета, је основан 2016. године.
На Медицинском факултету се организује специјалистичка настава за докторе медицине и докторе стоматологије.
На Медицинском факултету Фоча, Универзитета у Источном Сарајеву, након три деценије великог труда, залагања и посвећености, дошло је до значајне експанзије – од академске 2020/21. године почело је извођење наставе на енглеском језику.
Медицински факултет Фоча је први факултет у Републици Српској који је одговорио свјетској потреби за факултетом на коме би студенти у исто вријеме стекли знање, усавршили свој енглески језик, и, искључујући велике трошкове самог студирања, израсли у стручњаке који ће допринијети економском и социјалном развоју својих земаља, али и Републике Српске.
У академској 2023/24. години Медицински факултет Фоча уписује и прву генерацију студената на студијски програм Стоматологија, који се изводи на енглеском језику.
У амфитеатрима, учионицама и лабораторијама Медицинског факултета Фоча за најхуманији позив спрема се 338 студената са 4 различита континента, из Италије, Грчке, Турске, Велике Британије, Њемачке, САД-а, Египта, Индије и Бангладеша, Јапана, Швајцарске, Француске, Шри Ланке, Туниса, Либије, Сирије, Нигерије, Украјине, Црне Горе, Србије и Босне и Херцеговине.
На овај начин, Медицински факултет Фоча, један од најистакнутијих факултета Универзитета у Источном Сарајеву, постаје далеко препознатљив у цијелом региону али и широм свијета – сваке године постижу се све бољи резултати када је број заинтересованих и уписаних студената у питању.
Фоча постаје мјесто на коме се укрштају наде, тежње, жеље и рад, труд, залагање; отворивши врата за студенте који долазе са четири различите стране свијета, Фоча израста у једну другачију – локалну-интернационалну заједницу, чији стуб развоја, Медицински факултет Фоча, сигурно и храбро ствара бољу будућност.